作品素晴らしいです！載せてくださりありがとうございます！
今は少し検証できない環境にいるため、以下は全て憶測での回答になります。
こちらの問題ですが、良ければ環境（windowsの種類とか）を教えて頂けると幸いです。こちらでも似たような環境を用意して確認してみたいと思います。
おそらく過去にあったこの辺のトラブルと同じかもしれません。
もし可能であれば、新PCに上記トピックのASP .NET Coreランタイム、.NET Runtimeを入れてみて様子を見てもらえたらと思います。
メカキネソフトを作った環境をやや複雑にしたせいで、この辺のトラブルの原因が分かりづらくなってしまっています。すみません。
こちらですが、似た検証を以前した気がするんですがちょっと結果を失念してしまいました。
duetのconfigにてM581にてトリガーの定義をしていると思うのですが、その行にR2（SDカードからファイルを実行していない時にのみトリガーを受付するオプション）を付けると改善するかもしれません。（例M581 T2 P1 R2）
もしこれで対応できなかった場合、モーションのあるtrigger〇.gのファイルをgcodeフォルダに移し、新しいtrigger.gにはM32 trigger〇.gとかだけ記載して、トリガーファイルからNCファイルを実行させるようにバイパスしたらいけるかなぁという気がしますが、完全に未確認です。
以上、確認できないので全部ふわふわな回答になるのですが、ご参考になれば。
確認できるようになったらこちらでも確認したいと思います