こんにちは。
想定している加工位置にならず、軸の移動方向が逆になるという話でしょうか？
原因は2種類考えられると思います。
- そもそも軸の方向が逆（grblのパラメータ、モーター配線）
- CAMのワーク座標系設定が間違っている
もし、CNCjsの各軸のボタンを押しての軸移動が想定の方向と逆なのであれば、設定等がおかしいので回転方向を逆にします。
方法等は以下に書いてあります。
CNCjsでの各軸移動が問題ない場合はCAMのワーク座標系設定がおかしいために、逆方向のパスが生成されている可能性があります。
Fusion360を使っているようなので、加工パス生成のときにセットアップでワーク座標系を設定する部分があります。
このときにワーク原点の位置と、軸の方向を実際のマシンとあわせる必要があります。
参考：