こんにちは
直接的な原因ではないですが、おそらく起きていることはエラーが起きた際にgrbl側（制御基板）のz座標と機械のz座標がズレてしまっているのだと思います。ズレる要因は移動中の突然の停止のため慣性等でズレるなどです。
直接的な原因やエラーが起きる理由については分からないです。もし次エラーが出たらスクリーンショットやコンソールのエラー出力をコピーしておくと原因を探しやすくなるかと思います。
ただ、たまーに起きるとのことなので何らかの原因（ノイズやバグ？）でgrbl（制御基板）に送っているNCプログラムの内容が欠落しているとかがあるかもしれません
過去にはこんなトピックもありました。もしかしたら参考になるかもしれません