CNCjs 途中で止まってしまった場合の対応

正直、使っているマシンの構成や、どういったワークか、パスの種類にもよるのでなんとも言えません。
一度実験用のパスを用意してみて実験してみるとよいかと思います。

一応注意したほうが良い点としては、

・おそらく停止時は工具を一旦避難させる運用かと思いますが、再開する位置によっては削ってほしくない部分に意図せず動いてしまう可能性があります。
手動で再開位置への安全な移動のコマンドを挟む必要がでてくるかもしれません。

;たとえば
G0 Z0
G0 X再開位置 Y再開位置
G1 Z再開位置 F150

・G3などの円弧移動コマンドは現在位置を基準とした移動コマンドとなっているので、開始位置がズレているとエラーで動かなくなってしまいます。

一度NCプログラムを編集をする前にGコードの内容について軽く目を通したほうが良いかと思います。

そのうえでまず、実験用のパスを作ってみて動作確認をしてみてはどうでしょうか