あとから見返していて気付きましたが、もしハードや設定が問題がなさそうであれば、Fusion360のパス生成時の設定を見返してみてください。
こちらはMDFの加工でアップカットとダウンカット（工具の動かす方向指定）で加工精度が違ったよという例です。
もし一度で円をカットしている場合は、荒加工パスと仕上げパスに分けて2段階でカットすると仕上げ時の切削の抵抗が落ちるので精度や仕上げ面が良くなるかもしれません
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