こんにちは。
この手の問題の場合、
- モーターの故障
- 配線・コネクタ周りの不良
- CNCxPROのモータードライバの故障
あたりが発生していると思うのですが、
動画の内容と確認の内容から見て、CNCxPROのモータードライバ周りが死んだのかなという印象です。
特にガガガという異音系はステッピングモーターの1相の出力がモーターに伝わっていない場合が多いので、モータードライバの出力部分（MOSFET）あたりが何らかの理由で焼けたのか・壊れたのかと思います。
原因を絞り込めるかはわからないですが、念のため以下を確認してみてください。
ちなみにY軸モーターはX、Z軸のCNCxPROの接続口に挿した場合正常に動きますか？（Y軸モーターが故障していないかの確認）
また、下記のようにCNCxPROの側面のY軸のインジケーターが強く点灯していますか？
点灯時はモータードライバの異常を検知（ドライバ過熱・ショート・電圧不足）を示しています。
ただ、異音はしつつも動作しているのでLEDは点灯していない可能性が高そうです。
またCNCxPRO起動時にCNCjsのコンソールで出力される起動ログにFailedとかErrorとか失敗やエッラー系の出力は混ざっていなさそうですか？
下のような起動ログがCNCjsに出ていると思うので確認してみてください。なお24V電源を入れた上で確認してみてください。
（下記ログは24V電源を入れていないのでtest failedというメッセージがでています）
[MSG:Grbl_ESP32 Ver 1.3a Date 20201212]
[MSG:Compiled with ESP32 SDK:v3.2.3-14-gd3e562907]
[MSG:Using machine:CNC_xPRO_V5_XYYZ_PWM_NO]
[MSG:Axis count 3]
[MSG:RMT Steps]
[MSG:Init Motors]
[MSG:TMCStepper Library Ver. 0x000701]
[MSG:X Axis Trinamic TMC5160 Step:GPIO(12) Dir:GPIO(14) CS:GPIO(17) Disable:None Index:1 R:0.050 Limits(-300.000,0.000)]
[MSG:X Axis Trinamic driver test failed. Check motor power]
[MSG:Y Axis Trinamic TMC5160 Step:GPIO(27) Dir:GPIO(26) CS:GPIO(17) Disable:None Index:2 R:0.050 Limits(-300.000,0.000)]
[MSG:Y Axis Trinamic driver test failed. Check motor power]
[MSG:Y2 Axis Trinamic TMC5160 Step:GPIO(33) Dir:GPIO(32) CS:GPIO(17) Disable:None Index:3 R:0.050 Limits(-300.000,0.000)]
[MSG:Y2 Axis Trinamic driver test failed. Check motor power]
[MSG:Z Axis Trinamic TMC5160 Step:GPIO(15) Dir:GPIO(2) CS:GPIO(17) Disable:None Index:4 R:0.050 Limits(-300.000,0.000)]
[MSG:Z Axis Trinamic driver test failed. Check motor power]
[MSG:PWM spindle Output:GPIO(25), Enbl:GPIO(4), Dir:None, Freq:5000Hz, Res:13bits]
もう確認はされていると思いますが、一応目視等でコネクタや接続口のピンの部分がちゃんと接触しそうか確認してみてください。（CNCxPROの接続口が歪んでいないか、ピンの部分が曲がってしまっていないか、マイナスドライバで開け締めする口はちゃんと開閉できるかなど）
またハードウェア的な問題確認として、Y軸のねじ送りの機構がモーターなしで手で回した場合に大きな引っ掛かりや手で回せないような負荷がなく動くかも確認してみてください。
以上が一応確認してみて欲しいことですが、実際こうなった原因については現状わからないです。
電源が異常な電圧を出力したかもしれないですし、モーターが故障してモータードライバ周辺に過電流が流れて壊れた、モータードライバの温度管理がうまくいかず過熱で焼損したのかもしれない、基板上に金属片や水分が混入してショートして部品が死んだなど、多少思いつきはしますがこれだ！といった思いつくものはないのでなかなか難しいですね