こんにちは。
xPRO本体のリセットを押すと機械原点を0（機械原点とワーク原点を別で設定していない場合はワーク原点も0）とすることができますが、毎回リセットしなくてもCNCjsなどの操作ソフトにてワーク原点をセットすることができます。
上記のワーク原点の設定をすれば基本的には出力されるNCファイルもワーク座標系にて動作するはずなので、リセットを押さなくても良いかもしれません。