こんにちは。
モーターの繋いで調子を悪いということであれば、まず疑うのは
- 配線の接触不良
- モーターの故障
あたりかと思います。
これらはY軸接続口に他の軸のモーターを挿してみたり、他の軸差込口にY軸モーターを挿してみて動かしてみることで確認できるかと思います。
もし基板のY軸部分のトラブルが確定した場合は、ico_yokoさんが挙げているように
- 基板側のY軸の緑の部分（受け側）の問題
- モータードライバ周辺の故障
の可能性があります。
基板の緑の部分のコネクタは3.81mmピッチだったはずなのでこのへんが使えると思います。
https://www.digikey.jp/ja/products/detail/phoenix-contact/1803293/260576
ちなみに中華互換品のKF2EDGも使えるはず。
オス側はAvalonTechで扱っている 配線中継用コネクタ4P – AvalonTech のオス側でもいけます。
モータードライバ周りの故障だった場合はほぼお手上げになります。
モータードライバ周りは1段目の裏にあるようですが、表面実装部品になるのでどこが壊れているか特定が大変であることと部品の再実装のハードルが高いためです。
私もモータードライバ周りの修理は実行したことはないのですが、知っている情報を載せておきます。
CNC xPRO v5の回路図は下記のURLに画質は粗いですが載っています。
もし壊れるとしたらモータードライバかMosfetあたりじゃないかなぁという気がします。
モータードライバはTMC5160A-TA TMC5160 | Analog Devices
Mosfetの型番は残念ながら回路図には載っていないので、実際に見てものを特定するしかなさそうです。