こんにちは。
MDFでは問題なくてアルミで発生するとのことなので、加工やCAMのパラメーター関係なのかなと思いました。
なんらかの原因でZ軸が負けて、ルーターの力でZが引きずり込まれてズレたりしたのではないかと想像です。
エンドミルが折れたとのことなので、切削の条件的に良くないのではないかとも思いました。
思いつく改善案ですが、
CAMでは1度に削る量（切り込み量やピッチ）を減らすと改善する可能性もあります。
加工時は切削油をかけたりアルミ加工用のエンドミルを使ってみることで改善するかもしれません。
マシンとしては、念の為Z軸のナットブロックに緩みがないかも確認してみても良いと思います。
関係あるかはわかりませんが、負荷でフレームが凹みが発生して加工面に影響が出たという話もあります。合わせて確認してみてはどうでしょうか。
とりあえず思いつくことを上げてみましたが、参考になれば。