こんにちは。
CNCjsを使っているということで、Duet基板ではなくCNCxPRO構成でしょうか？
それともCNCjsではなく、DuetのWEBUIのDuetWebControlでしょうか？
CNCjsとDuet基板の組み合わせはできはするんですが、私の記憶だとCNCjs上の機能が色々と使えなかったり、かみ合っていなかった覚えがあります。
（また、Duet公式はUSB接続を極力使わないようアナウンスしています。）
もしCNCxPRO構成だった場合、CNCjsのコンソールになにか表示されていないか確認してみてください。
Duetの構成だった場合、できればWEBUIを開いてみてホーミング時にエラー等出ていないか確認してみると良いと思います。
また、リミットスイッチの検知状態も確認してみても良いかもしれません。スイッチが押されていると誤検知されていないかを見てみると良いかと思います。
CNCxPRO+CNCjsの場合は、コンソールに?を入力するとステータスを確認できます。
レスポンス例：<Alarm|WPos:0.000,-0.000,0.000|Bf:15,128|FS:0,0|Pn:XY>
Pn:XYと書いてある部分が検知されているリミットスイッチで、Pn:XYの場合はX,Yのリミットスイッチが反応しているということになります。
Duetの場合はM119を入力するとリミットスイッチの状態を取得できます。
あるいはWEBUIにエンドストップ状態表示用のプラグインを入れて確認するという方法もあります。