こんにちは。
リミットスイッチが電気的、ソフト的に検知しているのかを確認していくと良さそうですね
ソフト的に検知しているかは?コマンドで確認できます。手でスイッチを押して、離してでそれぞれコマンドを入れてPn:Xが出るか、消えるか確認してみるとよいかと思います。
YやZのスイッチとxproの端子ごと入れ替えてみて、同様に検出されるか確認してみても良いかと思います。
電気的なチェックとしてはCNCxPROはスイッチを押したときに本体のリミットスイッチのLEDが光ったり、あるいは消えたりとどちらかに切り替わったはずなので手でスイッチを押して確認してみてください。（スイッチがNCかNO接続かで押されると光るか消えるかが違ったと思います）
また、テスターを持っているのであればケーブルを外した状態のリミットスイッチの端子間にテスターを当てて、スイッチを押したとき、離したときに導通、非導通にちゃんと切り替わるのか（抵抗値が非常に小さくなるか）
またリミットスイッチにケーブルをつないだとき、ケーブルの両端にテスターをつないで同様に
導通するのかを確認してみてください。