基板に違いなどについては公式wikiなどにいろいろと情報があります。
Duet3 6HCとDuet3 miniの違いはモータードライバーが大きいかと思います。
6HC：モーター最大6個 電流6A（ハイトルクモーターOK）
mini： モーター最大5個 電流2A（ハイトルクモーターNG、電流制限してならOK）
なので、ハイトルクモーターを使う構成（ArtCNCとか）だとDuet3 Mainboard 6HCの方が良いかもしれません。
また、CNCxPROとDuetでは基板側のコネクタが違うので、
・Duet基板に付属する圧着端子を使って、xPROで使っていたケーブルを再利用し自分でコネクタを作成する
・Duet用のコネクタがついているケーブルを買ってケーブルを交換する
のどちらかが必要になるかもしれません。
あと産業用スピンドルを使っていてDuetで制御する場合は、変換基板が必要になるかと思います。