こんにちは
ハード的解決ではアルミフレーム上にリミットスイッチを置くのではなく、軸端のリードスクリューの固定座にリミットスイッチをおいて位置を固定してしまうのとかはどうでしょうか。
ただし追加で固定治具が必要になりそうです。また、リミットスイッチを押す部分も作らないといけないかもしれません。
（これは過去に本BBSで事例を見た気がするのですが、思い出せないので見つかったら共有します。）
ソフト的な解決では、CNCxPROではできませんが、Duet3基板にはリミットスイッチを使わずにホーミングをするセンサーレスホーミングの機能があります。
これは軸の端にぶつけたときにモーターが脱調するので、その脱調を検出してホーミングのスイッチとして使おうという仕組みです。（厳密にはストール検出、軸が動かない状態を検出のようです）
私はまだちゃんと試せていないのですが、このBBSだとE-moc X5がセンサーレスホーミングを使っているようです。
ただ聞いた話だとセンサーレスホーミングのパラメータ設定は結構シビアで調整がやや難しいとのこと、検出設定によってはリミットスイッチより検出精度が劣ることがあるとのことです。
公式説明：
（参考）E-moc X5のホーミング設定ファイル