こんにちは
私はあまり長時間加工をしないので、似たような問題が起きていないのですが、長時間加工の際に暴走するとのことなので、熱の影響があるのかな？と思いました。
おそらくCNCxPRO v5を使っているんじゃないかと思いますが、もし次に暴走したときに以下のことを確認してみてください
- CNCjsのコンソール部に何かエラーが出力されていないか
- CNCxPRO v5側面のモーターのインジケータLEDが強く光っていないか
- しばらくCNCxPROを稼働させた際にCNCxPROのケースファンが回転しているか
また、USBが繋がりにくい件ですが以前似たような問題でセルフパワー（電源が別のもの）のUSBハブにしたところ改善？したという事例がありました。参考にしてみてください