こんにちは。
CNCjsのバージョン変更でモーターの回転方向が反転するという現象は謎ですね・・・（CNCjsはあくまでXYZの移動指令を基板に送っているだけなので・・・）
一度CNCjsのコンソールにて$RST=*のコマンドにてCNCxPRO v5のパラメータのリセットを試してみると良いかと思います。（リセットをかける前にパラメータはめもっておくと良いかと思います）
私もファームウェアをアップデートした後にパラメータの変更が反映されないというトラブルが一度ありましたが、リセットをかけて再度パラメータを設定しなおすことで直ったということがありました。
あと確認することとしてはモーターの配線の確認です。モーターの配線の繋ぎ方が誤っているためにモーターが1方向しか動かないことや振動するだけ等のおかしな動作がおきる場合があります。
それらを確認してみて直らない場合はCNC xPROの不良もありえると思うので相談すると良いかと思います。