こんにちは。
Fusionで作ったGコードは安全のため最初に機械原点の高さに工具を上げてから加工の最初の場所に移動するようになっていたはずです。その時に機械原点（ハードリミット、リミットスイッチの位置）に行っちゃってる感じかな？と予想します。
こちらに自作CNC向けのポストファイルがありますので、ポスト処理をする時にこちらのポストを使用してみて動作を確認してみてください。M6も出なくなりますので警告も消えますが、工具交換の時に自動では止まってくれませんので、工具が変わるパスは別ファイルとして出力してあげてください。