Fusion360でNCデータを作っている想定での話になりますが、ポストを変更することでM6を出力しないようにすることができるらしいです。
ポストの変更はプログラミングが分からないと難しく、私も正直わかりませんが、アメリカの方のフォーラムでカスタマイズされたポストが出回っていました。
こちらをダウンロードして、Fusionでポストボタンを押したときの画面から＞設定＞フォルダを開く で開いたフォルダに入れると、次回からポスト一覧に出てきます。
このポストを使うことでM６が出なかったはずです。（今週出張してるので確認できませんが、普段はこれを使っています）
その他に変更点として
- 原点に戻る動作をするとき、リミットスイッチを触って誤停止しないように原点から5mmだったかずつ離れたところに戻る
- ポスト処理した時に英語で「座標系の指定がないからG54を使いますよ」的な警告が出る（無視してよい
- 途中で違う工具に変わっているのに一つのNCデータとして出力しようとした時に警告がでる
といった点が変更されています。原点から5mmくらい離れたところを使うようになるため、今まで挙動がちょっとだけ変わるので高さに余裕を持って試してみてください。
Fusionでポスト処理する時に警告を一回閉じる手間が増えますが、CNCjsが工具交換で止まることはなくなったはずです。