こんにちは。
完全な解決策ではありませんが、私も同じような症状で以前こちらのフォーラムで質問させていただきました。
ちなみにマシン環境は違いますが参考になれば幸いです。
結局解決はしておりませんが、妥協策をとって使用しております。
詳しくはこちらのスレッドを読んでもらえればと思います。
私がした対策としては、通常ではエンドミル（クリップ）とプローブ台座（今回の場合アルミ板）が導通した場合に0セットしていきますが、パラメーター$6を変更して、導通が切れたら0セットするように変更して対処しております。
私も機器の金属部分がプローブのGNDに落ちている状況がなんか気持ち悪いですが、結局原因を追究しないままこの設定で使用しております。