パラメータが反映されない&パラメータが記憶されないのはおかしいですね・・・
CNCxPRO v5の本体の異常の可能性もあるので下記を確認してみても様子が変わらないようであれば販売元に問い合わせてみたほうが良いかもしれません。
WEBUIでパラメータが変更できるか確認
もしCNCxPROv5のWEBUIに接続できるようであれば、WEBUIからパラメータ変更を試してみて電源断・再起動後にパラメータが保存されるか確認してみてください。
もし保存されているようであればCNCjsが怪しいかもしれないです。
CNCjsのバージョンを変えてみる
一度今のCNCjsをアンインストールして、古いCNCjsを再インストールで動作を確認してみてください。（私の環境では1.9.22で動かしています）
以前最新版のCNCjsを使ってみたときにコマンドを受け付けなくなる時があったので、もしかしたら使っているCNCjsに原因があるかもしれません。
PCのUSBの接続先を変えてみる。別のPCで試してみる。セルフパワーのUSBハブを使ってみる。
もしかしたらですが、USBの電源供給が足りていないために動作が不安定になっているのかもしれません。一度接続環境を変えてみてください。
設定のリセットコマンドを実行してみる($RST=*)
$RST=*を入力するとパラメータが初期化されます。
この後に何かのパラメータを更新&電源を落としてパラメータが保存されているかを確認してみてください。
一度、ファームウェアをアップデートしてみる
最後にCNCxPROv5のファームウェアをアップデートしてみてください。
詳細は下記リンクに載っています。
ここまでやってみて状況が変わらない場合はCNCxPROv5本体が怪しいです。