こんにちは。
おそらくデータの問題ではなく、ファームウェアか、ハードウェアが原因となっているかと思います。
ちょっと写真ではどう歪んでいるのか（横長の楕円になっている？）がわからないのですが、思い当たる原因をいくつか挙げます。
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ワーク（加工対象物）の固定が甘く、加工時にずれている、あるいは浮いてしまっている
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ワーク、テーブルがたわんでいる
- たわみが大きいと切り口が少し斜めになる可能性があります。
- 溝を削ってみて深さが変わらないか確認したり、直線に少しずつ動かしてみてエンドミルとテーブル間の距離が変わらないかで確認できます。
- これはテーブルを木の板にしている場合、面だしで改善する可能性があります。CNCの精度調整 - nyaru の #7
ArtCNC系のような大きいCNCの場合はスタンドの足を効かせるなど調整すると改善するかもしれません。
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X、Yのstep/mmがあっていない
- step/mmがあっていないと指定の移動量より動きすぎるor動かなくなり、楕円となる可能性があります。
- CNCの精度調整 - nyaru の #5
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XとYの直角が出ていない
- XとYの直角が出ていない場合、楕円となる可能性があります。
- 測定器具がある場合はこちらを参考にして直角を出すと良いかと思います。
CNCの精度調整 - nyaru の #3
測定器具等がない場合は、ペンを固定させるか実際に削るなどしてX軸だけ直線移動、Y軸だけ直線移動させた時に交わった部分の角度を確認すると良いかと思います。
直角の修正はソフトでは修正できないのでフレーム側を調整するしかありません。
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（Y軸が2本あるCNCの場合）Y軸同士の並行が取れていないorお互いのY軸の位置がずれている。
- 2本あるY軸がハの字になっていたり、お互いのY軸の位置がずれていると楕円になる可能性があります。