こんにちは。
Duet3 + CNCペンダントの構成ということですね。一度下記の内容を確認してみてください。
もしペンダント基板を使用されている場合は下記ページを参考に配線を今一度見直してみてください。特にペンダントの配線の黒が混ざっている2色の線（白/黒や黃/黒など）がとてもわかりにくいので線をひっくり返して黒色が入っていないか確認してみてください。
ちなみにDuetの場合はUSB接続でPCに接続して使用しません。（promicroとDuet間で直接コマンドのやり取りをします。）USBを使うのはファームウェアを書き込むときだけとなります。
ペンダント基板を使用している場合はUSB接続の代わりに下図のように4Pの端子台を使います。基板を使わずにpromicroと直接使用している場合は公式wikiの画像を確認してください。
この端子台にケーブルがささっているか確認してみてください。
適当な3線あるいは4線のケーブルを用意し、一方を端子台へと接続しケーブルのもう一方はIO０端子にさせるようにコネクタをつくることとなります。
接続の対応表の下表のようになります。
簡単に画像で説明すると下図のようになります。
対応表通りの接続がされているか確認してみてください。
ここまで完了していて、ファームウェアが正しく書き込まれていれば電源が入った際にLED等が点灯するはずです。（非常停止ボタンが押し込まれているとLEDが点灯しないので解除しておいてください）
もし点灯しない場合はpromicroのDuet用のファームウェアを書き込み直してみてください。
LEDの点灯が確認できればコマンドを実行して通信を開始させ、問題なければconfig.gの編集となります。
なお、おそらくデフォルト設定ではホーミング前の軸移動ができないように設定されていると思うので、ペンダントを動かす前には一度ホーミングを実施した方が良いです。
またリミットスイッチの接続先のIOピン変更は物理的な接続先の変更だけでなくconfig.gのM574の箇所も共に変更するようにしてください。