ご返信いただきありがとうございます。
確かアイコンの車が4軸加工の作品でしたね。
まさにその通りで、治具のエンドミルを接触させる面からチャックの爪の中心までの距離が13mmとなっております。
精度を出すためという点ではその通りなのですが、MaRkoの回転軸にはキャリブレーション以外の原点取得方法が一切ありませんので、ホーミング（リミットスイッチがないため回転軸は現在位置がそのまま原点になる仕様です。）した後にある程度手動で原点を合わせないとキャリブレーションが実行できないという難点があります。
その為私の個人的な意見としては大まかな原点はリミットスイッチで、高精度な原点を要する場合にはキャリブレーションを組み合わせるのが現状ベストかなと思っています。
こちらのコミュニティには未投稿なのですが、E-moc X5という高専等教育機関での実習向けの5軸マシンを開発中です。組立方法や動画等の詳しい資料は現在開発中のver.2に合わせて公開する予定ですが、ver.1と大まかな情報は既にGitHubにて公開しておりますので何か参考になれば幸いです。