おそらく、マイコンから出てるY軸の方向信号がCNCシールドの想定のピン位置と合っていないんでしょうね。
昔にこのBBSにも同じような話があったので参考にしてみてください。
grbl書き込みの時のピンの定義を修正したら動くのではないかなと思います