そうですね…1つの軸に対してエンドストップは基本的に1つしか設定できませんので、プローブとしてリミットスイッチを設定すれば可能かと思います。
検証機でやってみないと分かりませんが、少なくともG38.2にFパラメーターは設定されていませんので送り速度の変更はできないかと思います。
M558に複数回プローブを設定するためのA,Sパラメーター等があるのでこちらを変更してみてはいかがでしょうか。
【お願い】
こちらのトピックは元々E-mocX5の組み立てドキュメントや更新履歴等を記載する予定で作成したのですが、返信数が100を超え現状どこからどこまでがマシンに関するドキュメントか分からない状態になっています。今後ドキュメントをどう整理するかは現状決まっていませんが、ひとまず質問箱を作りましたのでE-mocX5に関する質問はこちらにお願いします。