こんにちは
CNCjsはGコードを送信するだけのものなのでズレの原因になることはほぼないと思います。
ズレの量にもよるとは思いますが、どちらかというとハードの問題のように思います。
原因になりそうなものを上げてみます。
・step/mmの設定（動く量の設定）のズレ（調整：調整方法 | AvalonTech Documentation ）
・バックラッシュが大きくなってきた（ナットブロックの調整）
・モーターの劣化による出力低下？（モーター交換）
・Y軸が全く動かない、明らかに出力が落ちている場合は制御基板の故障の可能性
その他、フレームの凹みで寸法が変わるといった事例もあるようです。
一度メンテナンスとして移動ボタンに対して実際に動く量を各所で測定してみたり、緩んでいる部分がないか駆動部周りを確認してみても良いかもしれません。