Sgzさんの話を見ていて少し思い出したので補足です。 木材を対象にアップカット、ダウンカット等の加工パスの指定の違いでも精度が変わるといった話が以前ありました。
荒加工で仕上代を残してざっくり加工して、仕上げ加工として切り込みを小さくして負荷が少ない状態で加工するといった段階を分けて加工パスを生成するというのも、もしかしたら解決の糸口になるかもしれません。