となると、モーターや基板の可能性は排除できそうですね。
機械的な部分の問題ということになるでしょうが、ナットブロックもリードスクリューも交換しているということであれば、あと怪しいのはX軸のC-beam リニアレールということになるでしょうか・・・。
X軸のフレーム自体がまっすぐかどうか、たわんでいないかも確認してみてください。
昔は3mmのスペーサーを入れていたのが、シム+ワッシャーに変わっている部分でしょうか？
たしかザグリに誤って入れてしまうということで変わっていたと思います。
なので、コミュニティの組み立て説明は古いので、あくまで履歴として参考する程度がよいかと思います。