なるほど。
ちなみに各軸ともCNCjsの各軸の+、-ボタンで動かすと想定の向きとは逆ですが正転、逆転はされるんですよね？
そうであれば、回転方向の信号は出ていると思うので、$3のときの信号の反転の処理がされずファームウェアがおかしいのかなという気がします。
一度ファームウェアの更新を試してみて、それでも変わらないようであれば初期不良かもしれないですね。
ちなみに回転方向入れ替えだけであればモーターのケーブル入れ替えでも回転方向は逆にはなります。そちらを試して一通り動作確認をしてみるのもいいかもしれません。