Zプローブ後、[Z0]をクリックすると、Zは+2.000mmの位置に停止する

なるほど。そうなると、CNCjsのプローブの処理の問題か、タッチプレートに工具が当たる前に誤反応してしまっているかの可能性がありますね。
以下を確認してみると良いかもしれません。

  • プローブボタンを押したときに出てくるコマンドのG10 L20 P1 Z19.1のZの部分が設定しているタッチプレートの厚さになっているか

  • プローブパネルのリトラクション距離を0に設定してプローブボタンを押して工具をタッチプレートに接触させた時に工具・プレート間に2mm程度隙間が空いていないか

  • タッチプレートとクリップの極を逆にしたらどうなるか。(クリップ側をGND、タッチプレートをSIGに接続)

他に試してみることとして、原因はわからなくなってしまいますがパラメータの全リセット($RST=*)やファームウェアの書き込み直しという方法もあります。