こちら、いろいろ調べた結果、解決しました。
結論を申し上げますと、
CNCjsの設定の$23を変更すれば大丈夫です。
$23は「Homing direction invert, mask」の設定値です。
ホーミングで機械原点の方向を+方向にするか、-方向にするか、を決める場所です。
下記の方が参考になると思います。
現在の$23の設定値を確認し、それとZ軸が逆になれば良いのです。
設定値の意味は下記の通りです。
＄２３＝０→どの軸も反転しない
＄２３＝１→X軸だけ反転
＄２３＝２→Y軸だけ反転
＄２３＝３→X軸とY軸が反転
＄２３＝４→Z軸だけ反転
＄２３＝５→X軸とZ軸が反転
＄２３＝６→Y軸とZ軸が反転
＄２３＝７→すべての軸を反転
例えば、私の場合は初期設定が
＄２３＝７→すべての軸を反転
でしたので、Z軸だけ逆に変更するとなると
＄２３＝３→X軸とY軸が反転
が変更すべき値となります。
Gコードは、基本的に、最初に刃が当たらないように、Z軸原点に移動して、材料から離れてから、加工を開始するようになっているそうです。
しかしこれはZ軸原点が上にある場合は親切なのですが、機械によっては、原点が一番上になっている場合があり、そうすると、最初に材料に激突してしまうことになります。
$23を変更することによって、これを解決します。
$23の設定変更により、一番最初にZ軸原点に行く際に、下方向ではなく、上方向に移動します。
また、上記により設定値を変えたら、「ホーミング」と、「ワーク原点の再設定」を忘れないでください。
ご参考になれば幸いです。