これを見ていたら行き帰りでズレる症状からバックラッシュ（ナットブロックとリードスクリュー間の遊び）が発生している可能性もありそうだなと思いました。
バックラッシュは一方向に動いてから元の位置に戻って来た時のズレ量を測るとわかります。（例：+50動かして、-50したときにずれている量）
何らかの測定器で測定できればいいですが、もしないようであれば、ペンを持たせて線を描かせたり
実際に削らせてもいいかもしれません。
低減策としては
物理的にはナットブロックのボルトを少しだけ締めてやるとリードスクリューとナットブロックがさらに当たるようになりバックラッシュが低減する可能性があります。
あるいはソフト的に対応するにはDuetの最新のファームウェア（3.5.1）ではバックラッシュ補正が追加されたので、XYのズレ量を測ってみて設定することで軽減するかもしれません。
ただしこれはファームウェアの更新が必要かもしれません。（とはいっても、WEBUIのシステムのところにDuet2and3Firmware-◯.◯.◯.zipをアップロードするだけですが）